熱処理した鋼材錆が出ました。錆除去のため、酸洗いしていいですか。また鋼材の硬度に影響がありますか。

酸洗後に中和させなくてはならないのでどうしても水分に触れてしまうためです。物理的に研磨する方法でしたら硬さが変わることはありません。
手が届かないような繊細な部品の場合は化学研磨がありますが、窒化や焼入れの場合、
炭素鋼によっては硬さが変わってしまうかもしれません。もう一度熱処理を行って錆を取る方法は焼きなまし処理を行う場合でかつ、繊細な部品でないことと、水素でも問題がないことで条件がかなり限られてしまいます。